-일본 야쿠르트와의 합작사. 합작계약 당시 지분은 7(한국):3(일본)으로 하기로 하였고, 실제 지분은 61.8(한국):38.2(일본)으로 구성되어있다. 창립 초기에는 한국과 일본에서 각각 공동대표이사, 이사2명, 감사를 선임하였고, 일본에서 기술자들도 파견했다. 설립 초기 3년 동안 판매액의 3.5%를 일본 야쿠르트에 로열티로 지불했는데 이 때문에 일본기업이 아니냐는 논란이 있었다. 회사에서도 논란을 의식해서 '지금은 거의 별개의 회사로 한국야쿠르트가 독립적인 경영을 하고 있다.'고 보도자료와 sns를 통해서 알려왔다.

그러나 2017년에도 등기임원 총 11명 중 4명을 일본인으로 선임했고, 이들 일본인 임원들은 한국야쿠르트에 출근하지도 않으면서 매달 꾸준히 월급을 받고 있는 것으로 전해지며 논란이 되었다. 한편, 한국야쿠르트 홍보실 관계자는 "일본인 임원들은 모두 비상근임원으로 급여를 지급하고 있지 않다"고 밝혀왔다.

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